Az akváriumban felhalmozódó szennyeződéseket el kell távolítanunk az akváriumból. Erre szolgálnak a különféle szűrőkészülékek. Az akváriumszűrők lehetnek az akváriumon belül (belső), vagy kívül (külső). A vizet mozgathatjuk levegővel vagy erre a célra gyártott szivattyúval.
A levegővel működő belső szűrők egyszerű működésűek, arra épülnek, hogy a vízbe benyomott levegő felemelkedve vizet szállít magával. Es ha ez a víz valamilyen szűrőközegen megy keresztül, akkor a szennyeződés a szűrőanyagban marad. A szűrő anyaga leggyakrabban szivacs. Minél nagyobb szivacsot használunk, annál nagyobb biológiai szűrő alakul ki rajta. Ha a szivacs telítődik, akkor langyos vízzel alaposan mossuk ki. Vegyszert sose használjunk. Vegyes akváriumhoz 50-60 literig, ill. tenyésztőmedencékhez javasolt.
Talajszűrőt olyan akváriumban alkalmazhatunk. amelyben nincsenek talajt túró halak, és amelyben nem szándékozunk legalább egy évig talajt cserélni. A talaj alatt 2 cm-es vízréteg van, ahová a víz a talajon keresztül áramlik. A vizet levegővel hajtjuk ki a talaj alól. Az ilyen akváriumot olyan növényekkel ültethetjük be, amelyek gyökerükön veszik fel a lápanyagot. A rendszeres vízcserét itt is be kell tartani. Egyre ritkábban alkalmazzák.
Motoros belső szűrőt 60 liter feletti akváriumban célszerű használni. Olyan szűrőt válasszunk, amelyik megfelel az akvárium méretéhez. A kisebb nem tudja a szennyeződéseket kiszűrni, az erősebb pedig megtöri a vizet és túl nagy áramlást
csinál, zavarja a halakat. A motoros belső szűrőket általában hetente takarítjuk. Takarításkor a motor forgórészét is szedjük szét, és pucoljuk meg.
Külső szűrőt üzemeltethetünk levegős átemelővel vagy szivattyúval. A megépített szűrőakváriumban több aknát alakítunk ki, különböző szűrőanyagokkal. Az elejére ritkább, majd egyre sűrűbb szűrőtöltetet használjunk. Minél nagyobb a szűrőakvárium, annál hatékonyabb és annál ritkábban kell takarítani. Ha a szűrőakvárium az akvárium mellett van, akkor a vizet a közlekedőedények elvén, átemelő csővel juttatjuk a szűrőbe, a tiszta víz pedig vagy levegővel, vagy szivattyúval kerül vissza. Ha a szűrőakváriumot az akvárium alatt tudjuk elhelyezni, akkor legegyszerűbb, ha megfúratjuk az akváriumot és a víz - a beállított szintig - magától folyik le. Ebben az esetben a szűrt vizet szivattyúval emeljük Vissza az akváriumba. A külső szűrőakvárium előnye akkor mutatkozik meg, amikor aktív szenet vagy tőzeget akarunk alkalmazni. A szűrőakváriumot -szennyezettségtől függően - 2-3 havonta, esetleg évente kell takarítani.
A készen kapható külső motoros szűrőket az akvárium méretéhez és a benne tartott halak igényeihez kell igazítani. Általánosságban egy motoros szűrőnek óránként kétszer-háromszor kell az akvárium vizét átforgatnia. Nagy testű vagy sűrűn etetett halaknál, esetleg tenyészetekben, ahol sok hal van egy akváriumban, ennek többszöröse is lehet. A külső szűrőket terheléstől függően 1-2 havonta takarítjuk.
Szűrőanyagok
A legismertebb szűrőanyag a szivacs. Ebből is többféle van forgalomban. A sűrűbb kivitelű ún. ágyszivacstól a kimondottan akváriumi célra gyártott nagy lyukú (általában kék színű) szivacsig. A szivacs takarítása, kezelése egyszerű, de nem mindig esztétikus.
Ismert szűrőanyag az égetett kerámia gyűrű, amelynek porózus felületén megy végbe a szerves anyagok lebontása. Többféle méretben és típusban kapható. Hasonló tulajdonságokkal bírnak a porózusos kerámiadarabok.
Hasonlóképpen működik a lávakő. Egyre többen alkalmazzák édesvízi akváriumokban is, hiszen hatalmas felületet ad a biológiai szűréshez. Könnyen kezelhető és mosható. Ha már nagyon eltömődött, akkor hőkezeléssel ismét teljes értékű lehet.
Szűrőanyagként használjuk az ún. perlonvattát. Ez egy műanyag, finom szálú vatta, amely fehér, zöld vagy kék színben kerül forgalomba. Nagy felületet biztosít, ezzel elősegíti a biológiai szűrést.
Aktív szén alkalmazására akkor van szükség, ha valamilyen gyógyszert, klórt, festékanyagot, egyes gázokat vagy elpusztult papucsállatkákat kell a vízből kiszűrni. Az aktív szenet rövid ideig (3-4 napig) szokás használni. Ez az idő elegendő a feladat ellátására.